轉錄組解釋依賴于高質量的參考轉錄組，用于基因表達的準確定量以及遺傳變體的功能分析。目前對馬基因組的注釋缺乏評估基因表達所需的特異性和敏感性，特別是在同種型水平，并且缺乏對非翻譯區(UTR)使用的注釋不足。來自加利福尼亞大學戴維斯分校的研究人員為馬建立了一個注釋管道，并用它將來自多個RNA-seq數據集的19億個讀數整合到一個新的精制轉錄組中。

　　該馬轉錄組整合了來自59個個體的8種不同組織，改善了基因結構和同種型分辨率，同時提供了大量的組織特異性信息。研究人員在其管道中使用了四個級別的轉錄本過濾，旨在產生適合不同下游分析的幾種轉錄組版本。轉錄組包括36,876個基因和76,125個同種型，其中6474個候選轉錄基因座對馬轉錄組是新的。

　　用于生成每個版本的轉錄組的工作流程概述

　　轉錄組產品是橢圓形的。用于執行各種步驟的程序在括號中表示。所有轉錄組版本和管道腳本都是公開可用的

　　這些研究人員采用了各種描述性統計數據和數據，證明了轉錄組的質量和內容。由該管道提供的馬轉錄組顯示迄今為止任何馬轉錄組的組織特異性分辨率，并且對于若干下游分析是靈活的。他們鼓勵將其他馬轉錄組與其注釋管道整合，以繼續并改進馬轉錄組。